Фамилия Щеклеена — редкий случай, когда женская форма закрепилась в качестве официальной. В русской традиции фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а/-я: Щеклеин — это мужской вариант, а Щеклеена — форма родительного падежа, которая в некоторых регионах (особенно на Урале и в Сибири) закрепилась как исходная для женщин. Такое явление встречается у фамилий, записанных в метриках через «е» вместо «а» под влиянием местного говора или канцелярской ошибки.

Основа фамилии — прозвище Щеклей. В русских говорах «щеклей» или «щеклея» могло означать человека с заметной щекой — либо с ямочкой, либо с припухлостью, либо с какой-то особенностью лица. Слово родственно диалектному «щека» и «щеколда» (задвижка, которая «щёлкает»), но в прозвищном значении скорее указывало на внешность, чем на характер. Встречается и версия, что «щеклей» — это искажённое «щекотливый» (обидчивый), но она менее убедительна: прозвища от внешних признаков в крестьянской среде были куда распространённее.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Щеклеена — буквально «жена или дочь Щеклея». Мужская форма Щеклеин встречается чаще, но Щеклеена — не опечатка, а устойчивая региональная норма. По данным переписей, фамилия в такой записи фиксируется преимущественно в Пермском крае и Кировской области, где говоры сохраняли формы родительного падежа в качестве фамильных.

Сословно предки могли быть государственными или помещичьими крестьянами — фамилия не дворянская, не купеческая, а «простая», образованная от бытового прозвища. В дореволюционных документах встречается написание «Щеклѣина» (с ятем), что указывает на долгое «е» в произношении. Однокоренные фамилии — Щеклеин, Щеклев, Щеклов — все восходят к той же основе, но Щеклеена выделяется своей грамматической нестандартностью.