Фамилия Щеклина — женская форма, а мужская — Щеклин. Она образована с помощью суффикса -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: Щеклин буквально значит «сын Щеклы» или «человек из дома Щеклы». Суффикс -ин присоединялся к основам на -а, -я, поэтому перед нами типичная «матронимическая» или, чаще, «прозвищная» модель: в основе лежит личное прозвище Щекла.

Прозвище Щекла, скорее всего, связано с диалектным словом «щека» или «щёка». В старых говорах «щекла» могло означать человека с выдающимися скулами, с необычной формой лица или с заметным румянцем. Не исключена и связь с глаголом «щекотать» — в некоторых областях «щеклой» называли болтуна, говорливого человека. Третья версия, более редкая, отсылает к названию рыбы — щекла (разновидность плотвы), тогда прозвище могли дать рыбаку или торговцу рыбой.

Фамилия фиксируется в центральных и северных регионах России. Встречается в старых переписях Вологодской и Костромской губерний, что подтверждает её севернорусское происхождение: именно там суффикс -ин в фамилиях встречается чаще, чем -ов. В отличие от более распространённой фамилии Щёкин (от «щёки»), форма Щеклин сохранила старую основу без чередования «к/ч» — это указывает на архаичность прозвища.

Сословная принадлежность носителей фамилии не прослеживается по массовым данным. Щеклины могли быть и крестьянами, и посадскими людьми. Известных исторических деятелей с этой фамилией нет, но сама фамилия — хороший пример того, как русская ономастика сохраняет диалектные особенности и бытовые прозвища, которым не всегда найдёшь однозначное объяснение.