Фамилия Щепахин образована по типичной для русских фамилий модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Щепахин буквально означает «сын Щепахи» или «человек из рода Щепахи». В основе лежит прозвище или некалендарное имя Щепаха. Оно, в свою очередь, восходит к слову «щепа» — щепка, осколок, лучина. В древнерусском языке «щепа» имела и переносное значение: так могли назвать худого, щуплого человека («щепка»), либо, наоборот, человека резкого, «колкого» на язык. Есть и другая версия: в некоторых говорах «щепа» означала не только деревянную стружку, но и мелкую рыбу, например, уклейку. Тогда прозвище мог получить рыбак или торговец рыбой.

Менее вероятно, но возможно, что фамилия связана с ремеслом. В старину существовало слово «щепать» — расщеплять, колоть, делать лучину. Человека, занимавшегося заготовкой лучины или щепы для растопки, могли прозвать Щепахой. Однако профессиональные прозвища чаще давались по орудию труда или продукту (Щепкин, Щепочкин), а суффикс -ах- (-ахин) характерен именно для обиходных, уменьшительных или пренебрежительных форм личных имён и прозвищ.

Географически фамилия Щепахин встречается преимущественно в центральных и северных областях России — в Вологодской, Архангельской, Костромской областях, а также в Поволжье. Это зона бытования «окающих» говоров, где слово «щепа» произносилось без аканья, что подтверждает исконное звучание основы.

С точки зрения социального статуса, носители фамилии Щепахин в большинстве своём происходили из крестьянской или мещанской среды. Фамилия не принадлежала к дворянским родам и не фиксируется в родословных книгах высшего сословия. В документах XVIII–XIX веков Щепахины — это чаще всего государственные или помещичьи крестьяне, реже — посадские люди.

Известных исторических личностей с этой фамилией в открытых источниках не зафиксировано, что типично для фамилии, образованной от бытового прозвища и не попавшей в элитарные слои. Тем не менее, фамилия сохранилась до наших дней и встречается у нескольких сотен человек в России, что говорит о её устойчивости.