Фамилия Щепетунин — один из тех случаев, когда за основу взяли не имя, не профессию, а яркую черту характера или поведения. В её основе лежит диалектный глагол «щепетать» (или «щепетить»). В разных говорах это слово означало «щеголять, наряжаться, быть излишне привередливым в одежде», а также «жеманничать, ломаться». Соответственно, Щепетуном или Щепетуном в старину называли человека, который слишком следил за своей внешностью, любил покрасоваться, был франтом и модником. Прозвище давали с оттенком усмешки — не столько уважая, сколько подмечая особенность.

Фамилия образована по типичной русской модели: к основе прозвища Щепетун добавили патронимический суффикс -ин, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Щепетуна). То есть Щепетунин буквально означает «внук или потомок Щепетуна». Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от слов мужского рода, оканчивающихся на -а/-я, что и произошло в данном случае.

Интересно, что слово «щепетильный» в современном языке ушло от изначального значения «щегольской» к значению «принципиальный, строгий в мелочах». Однако в фамилии сохранился именно старый, бытовой смысл. В некоторых говорах «щепетунья» означала ещё и торговку мелочным товаром, но для мужского прозвища это менее вероятно — скорее речь идёт о поведении, а не о ремесле.

Фамилия довольно редкая. Географически она чаще всего встречается в центральных и южнорусских областях, а также на Урале, куда переселенцы принесли её в XVII–XVIII веках. Встречаются варианты написания с одной «п» — Щепетунин, что объясняется простонародным произношением, но исторически верным считается двойное «п» от глагола «щепетать». Прямых указаний на дворянское происхождение нет — это фамилия крестьянская или мещанская, возникшая в среде, где прозвища давали метко и без лести.