Фамилия Щепетунина — редкий случай, когда женская форма закрепилась в языке раньше, чем мы можем уверенно восстановить мужскую. Перед нами типичный «матроним»: фамилия, образованная от женского прозвища или имени. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Щепетунин, то есть сын или дочь Щепетуни.

Сама основа «Щепетун(я)» — это прозвище. В его основе лежит глагол «щепетать» или «щепетить». В старых русских говорах, особенно северных и сибирских, «щепетать» означало «щебетать, болтать без умолку», а «щепетиться» — «наряжаться, щеголять, быть излишне заботливым о внешности». Соответственно, Щепетуней могли прозвать либо говорливую женщину (болтушку, «щебетунью»), либо, наоборот, чрезмерно кокетливую и привередливую в одежде. Второе значение — «щепетильный человек» (то есть мелочно-принципиальный) — тоже могло дать прозвище, но оно скорее мужское.

Интересно, что фамилия Щепетунин (а от неё — Щепетунина) встречается почти исключительно в старообрядческой среде Русского Севера: в Архангельской, Вологодской областях, а также у поморов. Там слово «щепеткой» до сих пор значит «нарядный, щеголеватый». В таком контексте прозвище теряло бытовую грубость и могло быть вполне уважительным — так называли мастерицу, которая «щепотно» (то есть опрятно, чисто) одевается или ведёт хозяйство.

Мужская форма фамилии — Щепетунин — образовалась бы по той же модели: от прозвища Щепетуня (для мужчины оно тоже возможно, хоть и с суффиксом -ун(я), который чаще даёт женские прозвища). Однако в документах XVII–XVIII веков встречаются и варианты Щепетунов — с суффиксом -ов, что указывает на иную, патронимическую модель (от отца Щепетуна). Обе формы существуют параллельно, но Щепетунины численно преобладают именно в северных регионах.

Если ваши предки — Щепетунины, то, скорее всего, они происходят из среды поморских крестьян или посадских людей, не знавших крепостного права. Фамилия не дворянская и не купеческая, а народная, прозвищная, и её носительница (или носитель) в XVI–XVII веках славилась либо бойким языком, либо любовью к чистоте и нарядам — что на Севере ценилось не меньше, чем трудолюбие.