Фамилия Щербелис — редкий случай, когда русская по звучанию основа вступает в противоречие с явно нерусским окончанием. На слух она кажется «нашей» из-за корня Щерб-, который сразу отсылает к слову «щербатый» — человек со щербиной, сколом на зубе или без зуба. Так на Руси называли людей с заметным дефектом внешности, и это прозвище легло в основу множества фамилий: Щербаков, Щербинин, Щербатых. Однако суффикс -елис здесь чужероден.

Вероятнее всего, перед нами фамилия балтийского происхождения, адаптированная к русской письменности. Окончание -ис типично для литовских фамилий (ср. Будрис, Сабонис, Янавичюс), а суффикс -ел- может быть уменьшительным или указывать на принадлежность. В таком случае основа Щерб- — это не русское «щербина», а литовское šer̃pti (черстветь, сохнуть) или šerpė (осколок, заноза). Вполне возможно, что прозвище Щербелис в Литве или на бывших землях Великого княжества Литовского дали человеку с колким характером или, наоборот, сухощавому.

Есть и более прозаичная версия: фамилия могла возникнуть в результате полонизации или белорусского влияния. В польском языке есть слово szczerba (выбоина, щербина), и фамилия Щербель (Szczerbel) встречается в исторических записях. Добавление суффикса -ис — типичная русификация или литуанизация такой фамилии при переезде носителя в регионы с сильным литовским влиянием, например, на территорию современной Беларуси или Смоленщины.

Однозначно определить, от какого именно слова образована фамилия, без генеалогического исследования сложно. Но модель ясна: это не случайное сочетание звуков. Щербелис — скорее всего, прозвищная фамилия, которая либо пришла в русский язык из литовского, либо была переделана на литовский лад из славянского прозвища. Носитель этой фамилии мог быть выходцем из балтийских губерний Российской империи, где смешивались славянские и литовские говоры, а фамилии нередко получали двойную огласовку.