Фамилия Щербилис — редкий случай, когда мы почти наверняка можем определить её географическое происхождение, не заглядывая в переписи. Характерный суффикс -ис указывает на литовские или, шире, балтийские корни. В русской ономастике это один из маркеров фамилий, возникших на землях бывшего Великого княжества Литовского, особенно на территории современной Литвы, а также в Беларуси и на западе России, где исторически было сильное балтийское влияние.

Основа фамилии — «щерб» — скорее всего, восходит к тому же корню, что и русское «щербина» (зазубрина, выбоина, недостаток), но в балтийском контексте. В литовском языке есть слово šer̃pti — «черстветь, сохнуть», а также šer̃pė — «заноза, щепка». Прозвище Щерба (или его балтийский аналог) мог получить человек с заметным дефектом — например, со сколотым зубом, шрамом на лице или просто с некой «зазубринкой» во внешности. Местный суффикс -илис (лит. -ilis) превращает это прозвище в фамилию, отвечая на вопрос «чей?» или «какой?» — буквально «Щербов сын» или «относящийся к Щербе».

Модель образования проста: личное прозвище Щерба (или Щербис) + патронимический суффикс -илис. По такой же схеме сложились литовские фамилии вроде Даукинтис, Буткус, Янулис. Носитель фамилии Щербилис — это, скорее всего, потомок человека, которого в округе знали как Щербу, причём прозвище могло закрепиться за целым родом.

Социальный статус предков определить трудно. Фамилии на -ис в Литве носили и крестьяне, и шляхта, но для мелкой шляхты были более характерны фамилии на -ский. Щербилис, скорее всего, фамилия крестьянская или мещанская, возникшая в XVII–XIX веках, когда фамилии массово закреплялись в литовских и белорусских деревнях. Встретить её можно в Литве, на северо-западе Беларуси и, возможно, среди потомков литовских переселенцев в Сибири или на Дальнем Востоке.