Фамилия Шеффер (в немецком написании Scheffer, Schäffer или Schaefer) образована либо от германского имени Шеффер, которое переводится как «бдительный», либо от прозвища. По одной из них, в основе прозвища лежит средневерхненемецкое слово schaffen - «управлять». Следовательно, прозвище Шеффер мог получить управляющий имением. Также возможно, что прозвище Шеффер образовано от средневерхненемецкого schāf - «овца». Таким образом, Шеффером могли прозвать пастуха.