Скорее всего, она образована от слова Schafer – «пастух (овечьего стада), чабан». Возможно, в ее основе лежит слово schiefer – «сланец, шифер». Таким образом, она содержит указание на род занятий предка. Согласно еще одной гипотезе, фамилия Шейфер происходит от глагола schweifen – «бродить, блуждать». В этом случае она указывает на образ жизни предка.