Фамилия Шефова — женская форма фамилии Шефов, и сразу бросается в глаза её редкость и неочевидное происхождение. В отличие от типичных русских фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров) или прозвищ (Кузнецов), основа «шеф» в русском языке — заимствование, причём относительно позднее.

Слово «шеф» пришло к нам из французского chef (главный, начальник) через немецкое посредничество в XVIII—XIX веках. В России так называли командира полка (шеф полка), а в бытовом обиходе — любого начальника или покровителя. Поэтому первая и самая логичная версия: фамилия Шефов могла возникнуть как прозвище или «должностная» фамилия человека, служившего при каком-то важном лице, либо того, кто вёл себя по-хозяйски, «шефски». Однако нужно помнить, что в крестьянской среде, где фамилии массово закреплялись в XIX веке, слово «шеф» было чуждым и маловероятным для бытового прозвища.

Более правдоподобно, что фамилия Шефов — это русифицированная форма еврейской фамилии Шеф, Шефер или Шефтель. В идише «шеф» означает «овца» (ср. немецкое Schaf), и такие фамилии давали либо торговцам скотом, либо людям с мирным, «овечьим» характером. В черте оседлости (территории современной Украины, Беларуси, Молдовы) фамилии на -ов нередко присоединяли к иноязычной основе, чтобы адаптировать её к русской грамматике. Вариант Шефова могла получить дочь или жена человека по фамилии Шеф.

Наконец, нельзя исключать, что фамилия — результат искажения или упрощения более сложной формы, например, Шефферов (от немецкого Schäfer — пастух) или Шефтель (от уменьшительного имени). В любом случае, Шефова — фамилия искусственная по происхождению, не связанная с древнерусскими прозвищами, а привнесённая в русский язык через контакты с западной или еврейской культурой. Географически чаще всего такие фамилии встречаются в западных регионах России и на юге, где исторически были сильны немецкие и еврейские общины.