Фамилия Шекольян — редкий пример, где географический корень просматривается почти наверняка, а вот точное значение исходного слова остаётся под вопросом. Она образована по армянской модели с патронимическим суффиксом -ян, который означает «принадлежащий к роду такого-то» или «потомок такого-то». В основе лежит личное имя или прозвище Шеколь, которое не встречается в современных армянских именословах, но имеет убедительное объяснение через топонимику.

Скорее всего, Шекольян — это фамилия, возникшая от названия населённого пункта Шеколь или Шехоль. В Западной Армении (историческая область Васпуракан, ныне территория Турции) существовало село Шехоль. Жители, переселившиеся оттуда, получали фамилию Шекольян, то есть «выходец из Шеколя». Такая модель типична для армянских фамилий на -ян, которые часто происходят от названий сёл, городов или местностей. Альтернативная версия — от личного имени Шеколь, которое могло быть тюркского происхождения (например, от слова «шекер» — сахар, в переносном смысле «сладкий, любимый»), но это менее вероятно: в армянском именослове тюркские прозвища редко становились основой для фамилий без промежуточной географической привязки.

Фамилия указывает на то, что предки носителя, вероятно, были крестьянами или ремесленниками из сельской местности исторической Армении. Суффикс -ян не несёт сословной окраски — его носили и князья, и простолюдины, поэтому социальный статус предков по одной фамилии не определить. Встречается Шекольян в основном у армян, чьи семьи происходят из западных регионов исторической Армении, особенно из районов Вана и Муша.

Написание фамилии устойчиво: через «е» после «ш», с двумя «я» в окончании. Вариант с «ё» (Шекольян) возможен, но в документах чаще фиксируется «е». Фамилия редкая, в массовых базах данных фигурирует единично, что подтверждает её локальное происхождение от небольшого села или хутора.