Фамилия Шекотько — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а скорее всего, диалектный глагол, описывающий манеру речи или поведения. Её ареал однозначно указывает на западнорусские земли: фамилия встречается в Беларуси, на юго-западе России (Смоленщина, Брянщина) и на востоке Украины. Суффикс -ко здесь не уменьшительно-ласкательный, а типичный для украинской и белорусской ономастики патронимический формант, который закрепил прозвище за потомками.

Корень «шекоть» — это диалектный вариант слова «щекотать». В старых говорах (особенно смоленских и псковских) «шекотать» означало не только щекотать, но и болтать без умолку, тараторить, а иногда — дразнить или задирать. Соответственно, Шекотько — это человек, которого прозвали за привычку много и быстро говорить, «щекотать языком». Вторая, менее вероятная версия, связывает корень с «шёкот» — звуком птичьего щебета или трелями соловья; тогда прозвище мог получить обладатель звонкого голоса или певун.

Словообразовательная модель проста: основа «шекоть» (повелительная форма или усечённая основа глагола) плюс суффикс -к-, который присоединился к прозвищу и затем оформился типичным окончанием -о. В соседних регионах та же основа дала фамилии Шекотенко, Шекотило, Шекотов — все они образованы от одного корня, но разными суффиксами. Шекотько — самая лаконичная форма, где прозвище почти не изменилось, лишь обросло родовым окончанием.

Социально фамилия относится к крестьянской среде: в XIX веке носители Шекотько фиксируются в основном среди государственных крестьян Могилёвской и Витебской губерний. Дворянских родов под этой фамилией не известно, что косвенно подтверждает её происхождение из простонародного прозвища, а не из имени или географического названия. Ударение, судя по сохранившимся записям, ставится на второй слог: Шекóтько.