Фамилия Шелюхаева — яркий пример антропонимии, характерной для южнорусских и украинских регионов. Её основа — прозвище Шелюха, которое, скорее всего, восходит к слову «шелюх» или «шелуха». В диалектах так называли кожуру, скорлупу, отходы при обмолоте, а в переносном смысле — неосновательного, пустого или нечистоплотного человека. Прозвище могло закрепиться за крестьянином, занимавшимся чисткой зерна, или за человеком с небрежным, «шелудивым» видом (от «шелудить» — портить, обдирать).

Наиболее интересна словообразовательная модель. Суффикс -аев указывает на украинский или донской (казачий) вариант происхождения. В русском языке стандартной формой было бы Шелюхов, но южный суффикс -аев (от основы на -а) выдает носителя говора, где «шелюха» — имя существительное женского рода или форма прозвища. Встречается и параллельная фамилия Шелюхин (с суффиксом -ин), но Шелюхаева — более редкая, с чёткой региональной привязкой к бывшим землям Войска Донского, Курской или Воронежской губерний.

Спорные версии, связывающие фамилию с тюркским «шелю» (ветер) или с гидронимом Шелюг, не выдерживают критики: в основе лежит именно славянское нарицательное слово, широко представленное в говорах. Учитывая сословный состав носителей в XIX веке (однодворцы, государственные крестьяне), можно уверенно говорить, что предки Шелюхаевых не были дворянами, а происходили из служилых людей «по прибору» или вольных казаков, осевших на южных окраинах государства.

Сегодня фамилия остаётся малочисленной, но её сохранность — ценный маркер диалектной лексики и исторического пути русского юга.