Фамилия Шемчишен — редкая и нестандартная для русского уха. Она сразу привлекает внимание суффиксом -ен, который почти не встречается в великорусских фамилиях. Если бы фамилия заканчивалась на -ов (Шемчишев) или -ин (Шемчишин), её происхождение было бы прозрачнее. Но окончание -ен указывает на иной путь: это либо украинская, либо, что вероятнее, белорусская или польская модель образования. В украинском языке фамилии на -ен (например, Ковален, Кравчен) означают «сын такого-то» или «потомок». Шемчишен, таким образом, — «сын Шемчиша», а Шемчиш, в свою очередь, — уменьшительная форма от прозвища Шемяка.

Корень Шем- отсылает к древнерусскому глаголу «шемить» — давить, жать, теснить. В словарях Даля и Фасмера это слово живёт в диалектах: «шемой» называли прижимистого, скупого или навязчивого человека. Прозвище Шемяка было распространено в XV–XVI веках: самый известный носитель — галицкий князь Дмитрий Шемяка, противник Василия Тёмного. От Шемяки через уменьшительную форму Шемчиш (с характерным чередованием к/ч) и родилась фамилия. Суффикс -иш здесь — не увеличительный, а скорее пренебрежительно-ласкательный, как в словах «парнишка», «братишка».

Географически фамилию стоит искать на западе: в Беларуси, на Украине, в Польше. В России она могла появиться вместе с переселенцами из этих земель или через униатские и католические приходы, где запись фамилий шла на польский манер. Написание через «и» в корне (Шемчишен, а не Шемчишон) тоже характерно для белорусской и польской орфографии. Встречается вариант Шемчишын — с твёрдым ы, что подтверждает восточнославянское бытование.

Сословная принадлежность предков неясна, но можно предположить: прозвище Шемчиш вряд ли дали боярину или князю. Скорее, это был крестьянин, ремесленник или мелкий служилый человек, которого за характер или внешность прозвали «шемой» — прижимистым или невысоким, плотным. Фамилия не получила широкого распространения, поэтому её носители сегодня — почти наверняка потомки одного или нескольких родов, сохранивших редкое родовое имя.