Фамилия Шемчишина — женская форма мужской фамилии Шемчишин. Её основа — прозвище или нецерковное имя Шемчиша. Словообразовательная модель здесь не самая распространённая: суффикс -ишин (в мужском варианте) указывает на принадлежность по отцу или главе семьи, то есть буквально «сын Шемчиши» или «из дома Шемчиши». В женском варианте добавляется окончание -а, что типично для русских фамилий.

Корень «шем-» вызывает несколько версий. Самая прямая — от слова шемяка, которое в русских говорах означало «левша» или, шире, «человек, делающий всё не так, как принято». В старину прозвища, данные по физической особенности (например, леворукости), были обычны и часто закреплялись в фамилиях. Вторая версия — от тюркского имени Шемши (или Шамши), которое восходит к арабскому «шамс» — солнце. Такие имена встречались у татар и башкир, и фамилия могла возникнуть в зонах активного русско-тюркского контакта, например, в Поволжье или на Урале.

Менее вероятно, но стоит упомянуть связь с диалектным глаголом шемшить — «шептать, говорить тихо или невнятно». Тогда прозвище Шемчиша могли дать человеку с тихим голосом или неразборчивой речью. Однако эта версия слабее, потому что глагол редкий и локальный, а прозвища от него почти не фиксируются в документах.

Географически фамилия Шемчишин (и Шемчишина) тяготеет к западным и южным областям России — встречается в Белгородской, Воронежской, Курской областях, а также на Украине. Это косвенно подтверждает версию о прозвище по леворукости: в этих краях слово «шемяка» было в ходу.

Таким образом, предок носительницы фамилии с большой вероятностью был человеком, которого окружающие запомнили как левшу или отличали по какой-то другой заметной черте, и это прозвище перешло в фамилию по отчеству. Социальный слой — скорее всего, крестьяне или однодворцы; фамилии на -ишин редко встречаются у дворянства.