Фамилия Шемшура — редкий случай, когда прозвище стало фамилией почти без изменений, сохранив исходную форму. В ней нет типичных русских фамильных суффиксов -ов, -ин или -ский, что прямо указывает на её происхождение: перед нами застывшее прозвище, которое передавалось из поколения в поколение в неизменном виде. Такие фамилии характерны для украинской и белорусской традиции, а также для южнорусских земель, где прозвища часто становились родовыми именами без дополнительного оформления.

Основа фамилии — «шемшур» или «шемшура» — восходит к диалектному слову, имеющему несколько значений. В южнорусских говорах «шемшура» — это неопрятный, растрёпанный человек, неряха. Слово образовано от глагола «шемшить» (ерошить, взлохмачивать, делать неаккуратно). Вторая, менее распространённая версия, связывает прозвище с «шемшурой» как названием мелкого лесного зверька (возможно, сони или бурундука) — такое прозвище могли дать юркому, суетливому человеку. Обе трактовки укладываются в логику народных прозвищ, которые редко бывают комплиментарными.

Фамилия Шемшура встречается преимущественно на юге России и в восточной Украине, особенно в Воронежской, Курской и Ростовской областях. Это подтверждает её связь с южнорусскими говорами, где слово «шемшура» было в ходу. В украинской ономастике известна фамилия Шемшур, а Шемшура — её вариант, закрепившийся в русской среде. Оба варианта происходят от одного корня.

Ономастический словарь Б. Унбегауна не включает эту фамилию, что само по себе говорит о её локальном, нераспространённом характере. Однако в работах по русским прозвищным фамилиям встречаются указания на «шемшуру» как на типичное диалектное прозвище, которое в XIX веке могло закрепиться за целым крестьянским родом.

Таким образом, предки носителей фамилии Шемшура — скорее всего, крестьяне южнорусских губерний, получившие прозвище по внешнему виду или характеру. Фамилия не имеет отношения к дворянству или духовенству — это чисто народное, бытовое имя, которое сохранило в себе живой диалектный оттенок.