Фамилия Шемякие — редкий пример, где форма множественного числа, а не привычные суффиксы -ов или -ин, стала основой родового имени. Такая модель встречается в основном на севере и в центральной России: Шемякие, Шемякины, Шемяковы — все они восходят к одному прозвищу, но по-разному закрепились в документах. Форма «Шемякие» (с ударением на второй слог) могла возникнуть в среде, где фамилию записывали во множественном числе, как имя целого рода: «семья Шемяких», а затем перенесли в официальный статус без изменения. Это не типичная патронимическая модель, а скорее бытовая, что указывает на непривилегированное происхождение — крестьян или посадских людей, у которых фамилии долго оставались неустойчивыми.

Основа фамилии — прозвище Шемяка. Ономасты, включая Б. Унбегауна, связывают его с тюркским корнем, где «шемяка» означало «кривой», «одноглазый» или «косой». В русских говорах слово прижилось как характеристика человека с дефектом зрения или хитреца, который «шемячит» — то есть делает что-то не прямо, с уловкой. В XV веке это прозвище носило историческое лицо — князь Дмитрий Шемяка, противник Василия Тёмного, но фамилия Шемякие к нему прямого отношения не имеет: княжеские роды оформлялись иначе, через -ов или -ин. Скорее всего, предки носителей фамилии были простыми людьми, получившими прозвище за внешность или характер.

Географически фамилия тяготеет к северным и восточным регионам: её фиксировали в Вятской, Пермской и Костромской губерниях. Встречается и вариант Шемякины, но Шемякие — более архаичная форма, сохранившаяся в глухих деревнях, где фамилии записывали «на слух». В современных базах данных она редка, что делает её маркером определённого локального рода, не разошедшегося широко по стране.

Словообразовательно фамилия стоит особняком: суффикс -ие (в именительном падеже множественного числа) — не продуктивная модель для русских фамилий, в отличие от -их/-ых (например, Седых, Чутких). Это либо описка писаря, превратившаяся в норму, либо сознательный перенос формы родительного падежа множественного числа в именительный. В любом случае, Шемякие — фамилия-исключение, которая говорит о том, что её носители не подчинялись общей унификации фамилий, а сохранили местный говор и документооборот.