Фамилия Шемякинский — редкий случай, когда географическая привязка просматривается почти наверняка, а вот с личным именем всё сложнее. В отличие от типичных русских фамилий на -ов и -ин, суффикс -ский указывает на происхождение от названия места. Скорее всего, предок носителя фамилии был либо помещиком, владевшим селом Шемякино, либо выходцем из такого села — крестьянином, получившим прозвище по месту прежнего жительства. Самих сел и деревень Шемякино в России несколько: они есть в Татарстане, Кировской, Нижегородской, Тверской и других областях. В основе названия, в свою очередь, лежит прозвище или некалендарное имя Шемяка.

Имя Шемяка хорошо известно по истории: князь Дмитрий Шемяка, противник Василия Тёмного, оставил о себе память в слове «шемякин суд» (несправедливый суд). Однако этимология самого прозвища спорна. По самой правдоподобной версии, оно восходит к древнерусскому глаголу «шемякать» — «бить, колотить», то есть Шемякой могли назвать драчуна или человека с грубой силой. Альтернативное объяснение — от тюркского «шемяка» (удар, толчок) — менее убедительно, так как фамилия распространена в исконно русских областях, а не в зонах активного тюркского влияния.

Таким образом, цепочка выглядит так: сначала существовало прозвище Шемяка (драчун или силач). От него образовалось название владельческой деревни Шемякино. А уже от названия деревни возникла фамилия Шемякинский — как указание на родовое гнездо. В дворянской среде такие фамилии часто закреплялись за теми, кто владел поместьем, и могли писаться через «ий»: Шемякинский. В крестьянской среде того же села фамилия могла бы звучать как Шемякин, без суффикса -ск-, что и объясняет, почему Шемякинских значительно меньше, чем Шемякиных.

Сословная принадлежность первых носителей неоднородна. Часть Шемякинских — это потомки мелкопоместных дворян, записанных в родословные книги по Калужской или Смоленской губерниям. Другие — бывшие однодворцы (государственные крестьяне южных окраин), которые тоже могли получить фамилию по названию своего села. Встречается и связь с духовенством: иногда семинаристам давали фамилии по названию прихода, но для Шемякинского это менее характерно — слишком конкретная привязка к конкретному селу, а не к церковному празднику или латинскому корню.