Фамилия Шептухова — женская форма фамилии Шептухов. В основе лежит прозвище Шептух, которое в русских говорах имело два значения. Первое — «шептун», то есть человек, который говорит шепотом, тихо, возможно, скрытно или таинственно. Второе значение связано с народной медициной и знахарством: «шептухами» называли женщин, которые лечили заговорами и нашептываниями. Соответственно, Шептухом могли прозвать либо мужчину с тихим голосом, либо знахаря, ворожея. Второе значение встречается реже, но в некоторых регионах (например, на Русском Севере) оно было устойчивым.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: прозвище на -ух (Шептух) плюс притяжательный суффикс -ов, что буквально означает «сын Шептуха» или «из семьи Шептухов». Суффикс -ух в прозвищах часто придавал оттенок просторечия или пренебрежения, но к XIX веку такие фамилии уже не несли негативной окраски. Фамилия Шептухов фиксируется в переписях населения, особенно в центральных и северных губерниях России, хотя встречается нечасто.

В отличие от более распространенных фамилий на -ов (Иванов, Петров), Шептухов сохраняет связь с живым диалектным словом. Интересно, что в некоторых областях слово «шептух» могло обозначать не только человека, но и предмет — например, старинное орудие для шелушения зерна. Однако для фамилии эта версия маловероятна: прозвища по ремеслу обычно образовывались от названий профессий (Кузнецов, Плотников), а не от инструментов.

Фамилия Шептухова — недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская. В родословных книгах дворянства она не встречается, что типично для фамилий, образованных от прозвищ с яркой бытовой окраской. По данным современных телефонных справочников, носители фамилии живут в основном в Центральной России и Поволжье, что совпадает с ареалом бытования слова «шептух» в значении «знахарь».