Фамилия Шершкова образована от прозвища или мирского имени Шершок — уменьшительной формы от «шершень». В русских говорах шершнем называли не только крупную осу, но и человека сварливого, язвительного или дотошного, «жалящего» словом. Модель типична для северных и центральных областей России, где суффикс -ок часто давал прозвища по характеру: Борзок, Злобок, Шершок. Фамилия стоит в женской форме, мужская — Шершков.

Основа фамилии — не насекомое само по себе, а именно поведенческая характеристика. В ономастике известна параллель с фамилиями Осипов, Пчелин, Шмелёв, но Шершков стоит особняком: в отличие от трудолюбивой пчелы, шершень в народном сознании — фигура скорее агрессивная, навязчивая, опасная. Прозвище могли дать задире, склочнику или человеку с острым языком, который «допекал» окружающих.

Встречается фамилия неравномерно. По данным региональных исследований, Шершковы (и Шершковы) традиционно фиксировались в Вологодской, Костромской и Вятской губерниях — в зоне, где сохранялось оканье и где уменьшительные формы на -ок были особенно живучи. В некоторых говорах слово «шершок» имело ироничный оттенок: так могли называть невысокого, юркого человека, который «весь в движении».

Есть и редкий вариант происхождения — от топонима. В тверских и псковских землях встречаются урочища Шершово, Шершни, откуда крестьяне могли получить фамилию при переписи, но это менее вероятно: суффикс -ов/-ев в фамилиях от названий мест обычно указывает на «выходца оттуда», а здесь основа Шершок — явно личное прозвище.

Крепостное право не мешало распространению фамилии: Шершковы встречаются и среди однодворцев южных уездов, и среди государственных крестьян севера. В дворянских родословных фамилия не отмечена — это стопроцентно крестьянская или посадская модель. В советское время фамилия не меняла форму, хотя в паспортных столах иногда ошибочно записывали «Шершекова» или «Шершакова» — но это уже искажения, а не варианты.