Фамилия Шешенина образована от прозвища Шешена. Скорее всего, оно ведет свое начало от татарского глагола «шешену», который переводится на русский язык как «пухнуть, распухать, отекать». Вполне возможно, что такое прозвище указывало на физическое состояние и внешний вид человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шешена, со временем получил фамилию Шешенина.