Фамилия Шестых стоит в ряду так называемых «семейных» или «патронимических» фамилий на -их/-ых, характерных для северных и центральных областей России, а также Сибири и Урала. Модель «чей?» — «чьи?» — указывала на принадлежность целому роду: Шестых — значит «из дома Шестых», то есть потомков человека по прозвищу или имени Шестой. Такие фамилии закреплялись за крестьянскими семьями и нередко фиксировались в родительном падеже множественного числа, что и дало окончание -ых.

Основа фамилии — порядковое числительное «шестой». В древнерусской традиции числовые прозвища давали по порядку рождения в семье: первый ребенок мог получить прозвище Первой или Первуша, второй — Второй или Друган, шестой — Шестой. Это объяснение самое прямое и правдоподобное. В крестьянской среде, где детей было много, такие прозвища были практичны: они помогали различать людей в условиях, когда официальных фамилий еще не существовало. Позже прозвище закрепилось за потомками в форме Шестых.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с прозвищем, данным по месту в строю или по роли в каком-либо деле — например, «шестой в очереди» или «шестой в общине». Однако для русского быта XVI–XVII веков более характерно именно «родовое» числовое прозвище, а не ситуационное. Словарь русских фамилий Б. Унбегауна относит такие фамилии к группе, образованной от личных имен-числительных, что подтверждает первую гипотезу.

Географически фамилия Шестых встречается в основном в русских регионах с традицией фамилий на -их/-ых: в Вологодской, Архангельской, Кировской областях, а также в Зауралье и Сибири, куда переселенцы принесли свой говор и модель именования. В центральных и южных областях России, где преобладают фамилии на -ов/-ев, такая форма редка.

Сословно носители фамилии Шестых — почти наверняка потомки крестьян или посадских людей. Дворянских родов с таким окончанием практически не было: знатные фамилии оформлялись по модели на -ов/-ев или -ский. Фамилия не связана с каким-либо известным историческим лицом, и её носители не упоминаются в родословных книгах — это «народная» фамилия, которая сохранила архаичную грамматическую форму.

Если сравнивать с однокоренными, то фамилии Шестов и Шестаков образованы от той же основы, но по другой модели — с суффиксами -ов и -ак. Шестых стоит особняком: она не просто указывает на предка, но и подчеркивает родовую принадлежность, что делает её ценным маркером севернорусской ономастической традиции.