Фамилия Шейбухов — редкая и внешне неочевидная. Её основа «шейбух» в современном русском языке не встречается, поэтому разбирать её стоит через словообразовательную модель и региональные диалекты.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: фамилию образовали от прозвища или имени Шейбух. Второй элемент «-бух» сразу обращает на себя внимание: он звучит как звукоподражание падению или удару (ср. «бухнуться», «бухать»). В русских говорах, особенно северных и сибирских, слово «бухать» имело и переносное значение — «пить много, пьянствовать». Отсюда прозвище Буха, Бухан, Бухало. Первая часть «шей-» может быть искажением глагола «шить» или диалектного «шей» (повелительное наклонение). Тогда Шейбух — сложное прозвище, составленное из двух корней: «шей» и «бух», то есть буквально «шей да бухай» — так могли прозвать нерадивого портного, который много пьёт, или просто человека, склонного к гульбе и пьянству.

Другая, более правдоподобная версия отталкивается от тюркских корней. Фамилии на -ов, образованные от основ с «бух», нередки у народов Поволжья и Урала: Бухаров, Бухмин. В тюркских языках «буха» — бык, а «шейх» (арабское заимствование) — духовный лидер, старец. Слияние могло дать прозвище Шейхбуха — «бык-шейх» или «шейх-бык», которое в русской среде упростилось до Шейбух. Такое прозвище могли дать человеку крупного телосложения или упрямому, но при этом уважаемому, с задатками лидера.

Географически фамилия Шейбухов встречается крайне редко, в основном в документах по Оренбургской области и Башкортостану. Это косвенно подтверждает тюркскую версию: регион исторического смешения русского и башкирского населения. Носители фамилии, скорее всего, были государственными крестьянами или казаками — сословиями, где прозвища приживались особенно легко.

Сравните с однокоренными фамилиями: Шейбулатов (от имени Шейбулат, где «булат» — сталь) и просто Бухов, Буханов. Шейбухов стоит особняком: если первая версия верна, это редкий пример прозвища-фразы, вроде Подайбог или Убейворота. Если вторая — это русифицированная форма тюркского составного имени.