Фамилия Шибинина — женская форма фамилии Шибинин, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Шибиня. В русской традиции фамилии на -ин образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я, и указывали на принадлежность: «чей?» — «Шибинин», то есть сын или потомок Шибини.

Самая вероятная основа — древнерусское прозвище Шибиня. В говорах «шибить» означало «ударять, бить, швырять». Отсюда «шибиня» — человек резкий, порывистый, драчливый, либо тот, кто работает с силой (например, молотобоец). Слово «шибкий» (скорый, быстрый) тоже из этого гнезда. Таким образом, прозвище могло характеризовать темперамент или род занятий.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным «шибить» в значении «бросать, кидать». В этом случае Шибиней могли назвать меткого стрелка или, наоборот, неряху, который всё разбрасывает. Однако ономасты (в частности, в работах Б. Унбегауна) склонны связывать подобные фамилии с активными, «ударными» прозвищами.

Суффикс -ин типичен для северных и центральных областей России. Фамилия Шибинина не принадлежит к числу распространённых дворянских, скорее всего, её носили крестьяне или посадские люди. Встречается она в основном в Поволжье и на Урале — регионах, куда активно переселялись русские в XVII–XVIII веках. В метрических книгах Пермской и Вятской губерний фамилия фиксируется с XIX века.

Однокоренные фамилии — Шибин, Шибанов, Шибаев — образованы от той же основы, но с разными суффиксами. Шибинина стоит особняком из-за редкой модели: прозвище на -я (Шибиня) дало фамилию, которая почти не встречается в других славянских языках, что указывает на её исключительно русские корни.