Фамилия Шиборина — женская форма от Шиборин, а та, в свою очередь, образована с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ин. Этот суффикс отвечает на вопрос «чей?» и указывает на родство: Шиборин — сын Шибора, то есть потомок человека по прозвищу или имени Шибор.

Самое интересное здесь — корень «шиб-». В русских говорах слово «шибкий» означало «бойкий», «резвый», «проворный». Глагол «шибать» (ударять, бить, швырять) дал множество прозвищ. Шибором могли назвать драчуна, задиру, человека с резкими движениями или, напротив, того, кто ловко и быстро справлялся с делом. Прозвище могло закрепиться и за тем, кто бил челом, то есть кланялся или просил — в старину это тоже называли «шибать».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «шибор» (кустарник, чаща, мелкий лес). В этом случае прозвище давали по месту жительства: человек из глухого, заросшего места. Однако для фамилий с суффиксом -ин первичнее обычно прозвищная или именная основа, а не топографическая.

Сравните с однокоренными фамилиями: Шибаев, Шибанов, Шибалин. Все они восходят к тому же корню, но суффиксы разные (-ев, -ов, -ин). Шиборин стоит особняком из-за редкой основы на -ор. Такая модель встречается нечасто, что делает фамилию узнаваемой и локально привязанной — скорее всего, она возникла в одном из северных или центральных регионов России, где сохранялись архаичные формы словообразования.

Сословного барьера у фамилии не было: Шиборины могли быть и крестьянами, и мещанами, и служилыми людьми. Фамилия недворянская, но и не «простонародная» в уничижительном смысле — обычная русская фамилия, образованная по живой модели от яркого прозвища.