Фамилия Шифрук — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу указывает: перед нами не типичная крестьянская или дворянская фамилия центральной России. По модели образования она похожа на украинские или белорусские фамилии на -ук/-юк, которые означают «сын» или «потомок» (ср. Шевчук, Ковальчук). В таком случае Шифрук — это «сын Шифра» или «потомок Шифра».

Корень «Шифр-» почти наверняка восходит к еврейскому личному имени Шифра. В Танахе Шифра — одна из двух повитух, которые спасали еврейских младенцев в Египте. Имя было распространено среди евреев Восточной Европы, особенно в черте оседлости. Соответственно, фамилия Шифрук могла возникнуть в среде еврейского населения Украины или Белоруссии в XIX веке, когда массово присваивались фамилии по имени отца. Формант -ук типичен именно для этих регионов.

Версия, что фамилия произошла от слова «шифр» (тайный код), маловероятна. В русском языке слово «шифр» закрепилось поздно, а в народной среде не использовалось как прозвище. Если бы основа была связана с тайнописью, фамилия скорее оформилась бы в виде Шифров или Шифрин.

Таким образом, наиболее правдоподобное объяснение: предок носителя фамилии Шифрук был сыном человека по имени Шифра. Фамилия указывает на еврейские корни и географическую привязку к западу Российской империи. Встречается она крайне редко, и в современных базах данных преобладает в Украине и соседних областях России, что подтверждает версию происхождения.