Основой фамилии Шильнев послужило мирское имя Шилень. Мирское имя Шилень берет начало от аналогичного нарицательного со значением «утка, у которой в хвосте четыре долгих пера». Давая младенцу такое имя, как Шилень, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребенка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделено это животное. Возможно также, что фамилия Шильнев происходит от прозвища Шилень, которое восходит к глаголу «шить» в значении «сшивать, пришивать, подшивать, соединять части тканей или кожи посредством иглы и нитки, или накалывая шилом». Вероятно, прозвище Шилень относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности основателя фамилии: он мог быть портным. Эта профессия почиталась с древнейших времен. Следует отметить, что у плотников «шить» - значит «прибивать гвоздями». Согласно этому, можно предположить, что Шильнем прозвали плотника. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Шилень, со временем получил фамилию Шильнев. Так, в Книге памяти Республики Татарстан упоминается Никита Иванович Шильнев, родившийся в 1873 году в селе Шуган Муслюмовского района. В Книге памяти Псковской области содержится информация о Федоре Петровиче Шильневе, родившемся в 1876 году в селе Городец Городецкого района Горьковской области.