Фамилия Шильнова — женская форма фамилии Шильнов, и её разбор стоит начать с мужского варианта, так как модель образования здесь стандартная: к основе Шильн- добавили суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Шильна»). Основа, в свою очередь, восходит к прозвищу или нецерковному имени Шильн(а). Что оно означало?

Самая вероятная версия — связь с глаголом «шить» или существительным «шило». Шильном в русских говорах могли называть человека, который много шьёт, портного, или же, в переносном смысле, — пронырливого, острого на язык человека (сравните: «шило в одном месте»). В пользу этой гипотезы говорит и то, что прозвища по ремеслу были одними из самых распространённых источников фамилий. Менее вероятна, но возможна связь с географическим названием: например, с рекой Шильной или населённым пунктом вроде Шильно (такие топонимы встречаются в центральной России), откуда мог переселиться основатель рода.

Словообразовательная модель на -ов типична для великорусских фамилий, особенно распространённых в центральных и северных губерниях. Суффикс -н- в основе (Шильн-) указывает на то, что прозвище было кратким прилагательным или существительным с этим суффиксом, что характерно для диалектной речи. Если бы фамилия образовалась напрямую от «шило», мы бы скорее увидели Шилов или Шилов, но здесь добавочный -н- мог возникнуть для благозвучия или как вариант местного произношения.

Таким образом, предок носителей фамилии Шильнов с высокой долей вероятности был портным, сапожником или человеком, получившим прозвище за характерную черту — остроту ума или языка. Окончание -а в женской форме (Шильнова) — чисто грамматическое, по падежу оно меняется как обычное прилагательное. Фамилия нередкая, но и не массовая, встречается в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её прозвищное, а не дворянское происхождение.