Фамилия Шипельников образована от прозвища или профессии, связанной со словом «шипель». В русских говорах так называли инструмент для прокалывания, шило, а также острый колышек. Человек, получивший такое прозвище, мог быть сапожником (шильник), портным или мастером, работавшим с кожей и плотными материалами. В основе лежит глагол «шипеть» — издавать шипящий звук, но в данном случае он едва ли связан с характером: прозвища чаще давали по занятию, а не по звукоподражанию.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ник- указывает на лицо по роду деятельности («шипельник» — тот, кто работает с шипелем), а затем прибавляется фамильный суффикс -ов, превращающий прозвище в наследственное имя. Схема «шипель → шипельник → Шипельников» аналогична фамилиям Сапожников, Плотников или Кожевников. Менее вероятна связь с диалектным «шипель» в значении «змея» или «гадюка» — такие прозвища встречаются, но реже и обычно не дают столь устойчивой профессиональной цепочки.

Фамилия встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, особенно в бывших губерниях с развитым кустарным производством обуви и кожевенным делом. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания посадских людей и крестьян с этой фамилией, что подтверждает её «ремесленное» происхождение: Шипельниковы не относились к дворянству или духовенству, а были выходцами из среды мастеровых.

Примечательно, что в некоторых областях слово «шипель» имело иное значение — так называли длинный кнут или хлыст. Тогда Шипельниковым могли прозвать пастуха или возницу, но это локальная версия, не отменяющая основной — сапожной или портняжной. В любом случае, фамилия указывает на конкретное занятие предка, что делает её «говорящей» и понятной без словаря.