Фамилия Шипитун — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет очевидного суффикса, типичного для русских фамилий (-ов, -ин, -ский), что сразу указывает на её прозвищное происхождение. Скорее всего, она застыла в форме, в которой её получил первый носитель, без последующей русификации через патронимический суффикс.

Основа фамилии — «шипит» или «шипеть». Самый прямой путь к прозвищу — звукоподражание. Шипитуном могли прозвать человека с сиплым, шипящим голосом, шепелявого или того, кто говорил с присвистом. В русских говорах слово «шипеть» имело и переносное значение: так говорили о ворчливом, сердитом человеке, который постоянно «шипит» от недовольства. В этом случае прозвище носило характерный, легко запоминающийся характер.

Вторая, менее вероятная, но возможная версия отсылает к диалектному глаголу «шипать» (щипать, рвать, драть). В этом случае Шипитун — тот, кто шипает, например, лён или кору. Однако фонетически форма «шипитун» ближе именно к «шипеть», чем к «шипать»: суффикс -ун в русском языке часто образует названия лиц по характерному действию или звуку (крикун, ворчун, говорун, свистун). Шипитун встраивается в этот ряд идеально: человек, который шипит.

Поскольку фамилия не имеет дворянского суффикса, она, скорее всего, происходит из крестьянской или мещанской среды. Географически фамилия привязана к южнорусским и украинским землям, где характерно окончание на -ун (сравните: Балакун, Свистун, Шептун). Встречается она в основном в реестрах казачьих и крестьянских фамилий бывшей Екатеринославской губернии и на Кубани. Таким образом, Шипитун — это прозвище, данное за голос или нрав, а сама фамилия — живая запись того, как говорили о предке в его окружении.