Фамилия Шишкина образована от прозвища Шишка. Оно указывает не только на род занятий (собирание шишек) или физические недостатки (наросты на теле). Вероятно также происхождение от нецерковного имени Шишка, часто встречающегося с конца XVI века. Не исключена также возможность происхождения русской фамилии Шишкин от единой основы «шиш», что в переводе с крымско-татарского означает «опухоль». Восточное происхождение фамилии Шишкиных подтверждается и характером их фамильного герба, основными элементами которого являются два полумесяца, между которыми изображен меч острием вниз с переломленным эфесом. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шишка, со временем получил фамилию Шишикин.