Фамилия Шишикова — женская форма фамилии Шишиков, и её происхождение напрямую связано с тем, как в старину называли человека с необычной внешностью или поведением. В основе лежит слово «шиш» или «шишка». В русских говорах «шишом» называли вора, мошенника или бродягу, а «шишкой» — человека важного, начальника или просто того, у кого на теле была шишка. Парадокс в том, что одна и та же основа могла дать прозвище и уважаемому человеку, и тому, кого сторонились. Поэтому предок Шишиковых мог быть как деревенским старостой, так и нечистым на руку проходимцем — контекст утерян.

Словообразовательная модель здесь прозрачная: суффикс -ов- указывает на принадлежность («чей?»), то есть Шишиков — сын Шишика. Это типичная русская патронимическая фамилия, которая закрепилась в XV–XVII веках, когда прозвища отца переходили к детям уже как наследственные. Интересно, что в некоторых регионах, например в Вологодской и Архангельской губерниях, «шишига» означало нечистую силу, лешего или болотного духа. Если фамилия возникла именно там, то Шишиков мог быть потомком человека, которого в шутку или всерьёз связывали с лесной нечистью — возможно, за угрюмый нрав или любовь к одиночеству.

В отличие от более частых фамилий на -ов (Иванов, Петров), Шишиков встречается редко. Это не массовая фамилия, а локальная. По данным переписей XIX века, основная масса Шишиковых жила в центральных и северных губерниях России: в Ярославской, Костромской, Вятской. Встречались и в казачьих областях, но там чаще писали «Шишков» — с утратой одного слога.

Есть и менее очевидная версия: фамилия могла образоваться от уменьшительного имени «Шиш» — так в некоторых семьях называли младшего сына или ребёнка, родившегося после нескольких девочек (по аналогии с «шиш» как «лишний, ненужный»). Но это скорее народная этимология, чем подтверждённый факт. В любом случае, Шишикова — фамилия с ярким, запоминающимся корнем, который сразу даёт пищу для воображения: кем был тот самый Шишик — шутником, начальником или отшельником, мы уже не узнаем, но само прозвище явно было не из разряда безликих.