Фамилия Шишиков образована по самой распространённой в русском языке модели — от прозвища или имени с помощью суффикса -ов. В основе лежит слово «шиш» или его производное «шишик». Вопрос лишь в том, какое именно значение этого корня дало фамилию.

Самая вероятная версия связана с прозвищем Шиш, Шишик. В русских говорах «шиш» — это и озорник, плут, и бродяга, и даже бес, чертёнок. В северных и сибирских диалектах «шишиком» называли мелкого вора или разбойника, а также того, кто шишикает — шныряет, крадётся. Прозвище такого рода давали человеку с неспокойным, хитрым нравом, либо тому, кто вёл бродяжнический образ жизни. Позже это прозвище закрепилось за его потомками как фамилия.

Второй, более прозаичный вариант — от слова «шиш» в значении «острый предмет, колючка, шип». В этом случае прозвище могли дать человеку с колючим характером, неуживчивому, либо, напротив, высокому и худому — «шиш» на юге России означало и высокого, долговязого человека. В некоторых областях «шишом» называли также нищего, попрошайку, который ходил с «шишом» — сумой или посохом.

Менее вероятна, но возможна связь с именем Сисой (в просторечии Шишой), которое через уменьшительную форму Шишик могло дать фамилию. Однако эта версия слабее, так как имя Сисой не было широко распространено, а прозвищный корень «шиш» встречается в русской ономастике гораздо чаще.

Географически фамилия Шишиков встречается по всей России, но заметна концентрация в Поволжье, на Урале и в Сибири — регионах, где активно бытовали диалектные значения слова «шиш». В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с таким прозвищем, что говорит о недворянском, народном происхождении фамилии. Дворянских родов Шишиковых в гербовниках нет, хотя отдельные представители могли выслужить личное дворянство на военной или гражданской службе.

В целом, фамилия Шишиков — яркий пример прозвищной фамилии, где за бытовым, порой нелестным словом стоит живая история предка: хитреца, бродяги, озорника или просто человека с необычной внешностью.