Фамилия Шишикин образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Шишкина образована от прозвища Шишка. Оно указывает не только на род занятий (собирание шишек) или физические недостатки (наросты на теле). Вероятно также происхождение от нецерковного имени Шишка, часто встречающегося с конца XVI века. Не исключена также возможность происхождения русской фамилии Шишкин от единой основы «шиш», что в переводе с крымско-татарского означает «опухоль». Восточное происхождение фамилии Шишкиных подтверждается и характером их фамильного герба, основными элементами которого являются два полумесяца, между которыми изображен меч острием вниз с переломленным эфесом. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шишка, со временем получил фамилию Шишикин. О точном месте и времени возникновения фамилии Шишикин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Шишикин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.