Фамилия Шишок — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а народное название мифологического существа. В славянской демонологии «шишок» или «шишига» — это мелкий злой дух, домовой-озорник или водяной чертёнок, который живёт в омутах, на мельницах и в банях. Прозвище Шишок могли дать человеку за внешнее сходство с таким существом — например, за взлохмаченные волосы, торчащие в стороны, или за нелюдимый, юркий нрав. Впрочем, в некоторых говорах «шишок» означало и просто «воришка» или «плут», поэтому основа может указывать на хитреца.

Модель образования здесь простая и древняя: прозвище Шишок перешло в фамилию без каких-либо суффиксов, путём «чистой» трансонимизации. Такое часто встречалось в крестьянской среде, где дополнительные родовые окончания вроде -ов или -ин могли опускать. Если бы фамилия звучала как Шишков, она бы однозначно указывала на потомка человека по имени или прозвищу Шишок, но в форме Шишок она сохранила исходное прозвище в неизменном виде. Это сближает её с фамилиями-оберегами: раньше верили, что имя нечистой силы отпугнёт от ребёнка настоящих злых духов.

Географически фамилия Шишок встречается крайне редко и в основном в северных и центральных областях России — в Архангельской, Вологодской, Костромской губерниях. Именно там были сильны поверья о шишках, и прозвище могло закрепиться в качестве уличного имени. В украинских и белорусских землях та же основа дала фамилию Шишко, которая распространена шире, но там корень чаще связывают с «шишкой» — шишковатым наростом или выпуклостью, то есть прозвищем для человека с заметной шишкой на теле.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Шишов, Шишкин, Шишаков — показывает, что Шишок стоит особняком. Шишов и Шишкин восходят к слову «шиш» (нищий, бродяга) или к уменьшительному «шишка», а Шишаков — к «шишак» (шлем). Фамилия Шишок же сохранила прямую связь с мифологическим персонажем, что делает её не просто родовым именем, а отражением народных верований. Носителю этой фамилии можно с уверенностью сказать: его предок, скорее всего, жил в глухой деревне и получил прозвище за озорной или нелюдимый характер, которое не дали забыть местные предания о мелкой нечисти.