Фамилия Шишокин — редкий пример того, как суффикс может изменить звучание и смысл фамилии. В отличие от более распространённых «Шишкин» или «Шишков», эта фамилия образована с помощью суффикса -ок- и последующего -ин. Модель проста: сначала от прозвища или имени Шишок (уменьшительное от «шиш»), затем — притяжательное прилагательное «Шишокин», то есть «сын Шишока».

Основа «шиш» в русских говорах многозначна. В первую очередь это острый предмет, колючка, шишка на дереве. Но в народной речи «шишом» могли назвать человека невысокого роста, юркого или, наоборот, угрюмого. В некоторых областях «шиш» — нечистая сила, леший, а также бродяга или озорник. Прозвище Шишок, скорее всего, давали либо ребёнку с колючим характером, либо человеку с заметной внешней особенностью — например, с шишкой на голове или с невысокой плотной фигурой.

Географически фамилия Шишокин тяготеет к центральным и северным регионам России. Встречается она нечасто, что указывает на локальное бытование прозвища. В старых переписных книгах XVII века можно найти варианты «Шишок» и «Шишата», но фамилия в форме Шишокин — явление более позднее, скорее всего, окончательно закрепившееся в XVIII–XIX веках при фиксации крестьянских фамилий.

Интересно, что в одном ряду с Шишокиным стоят фамилии Шишенин, Шишанов и Шишунов. Все они образованы от разных производных одного корня, но суффикс -ок- придаёт фамилии уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный оттенок. Это говорит о том, что прозвище Шишок могло относиться к младшему члену семьи или к человеку, которого в шутку называли «маленьким шишом».

Сословного барьера у фамилии не было — Шишокины встречались и среди крестьян, и среди мещан, и даже в духовном сословии, но всегда в небольшом числе. Сегодня носителей фамилии можно встретить в Вологодской, Кировской и Костромской областях, что подтверждает её северное происхождение.