Фамилия Шишонина — женская форма фамилии Шишонин, и её происхождение напрямую связано с мужской основой. В русской ономастике фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я, и указывают на принадлежность: «чей?» — «Шишонин» означает «сын Шишони» или «человек из рода Шишони». Сама же основа Шишоня — это, скорее всего, прозвище, образованное от слова «шиш». В древнерусском языке «шиш» имело два основных значения: во-первых, это острый предмет, колючка, шип (отсюда «шишка»); во-вторых, в диалектах так называли бродягу, вора или плута. Второе значение бытовало в северных и сибирских говорах, где «шиш» — это нечистая сила или же ловкий проходимец. Таким образом, прозвище Шишоня мог получить либо человек с колючим, неуживчивым характером, либо, что вероятнее, — бойкий, хитрый или беспокойный человек.

Суффикс -оня в основе (Шиш-оня) — характерная черта русских народных прозвищ, особенно распространённая на Русском Севере и в Поволжье. Такие формы придавали имени или прозвищу оттенок ласкательности или, наоборот, ироничной уменьшительности. То есть Шишоня — это не просто «шиш», а «шишоватый», «шишечка» в переносном смысле. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне с прозвищем Шиш, Шишка, Шишко, и Шишоня логично вписывается в этот ряд.

Географически фамилия Шишонин (и, соответственно, Шишонина) тяготеет к центральным и северным областям России. В переписях XIX века носители фамилии фиксировались в Вологодской, Костромской и Вятской губерниях — то есть в регионах, где диалектное слово «шиш» в значении «вор, бродяга» было в ходу. Встречаются единичные записи и среди однодворцев южных губерний, но там прозвище могло быть связано с первым значением — «колючка», «шишка» (например, у человека была шишка на теле или он был коренастым, плотным).

С точки зрения сословной принадлежности, Шишонины — преимущественно крестьянский род. Дворянских ветвей с этой фамилией не обнаружено, что типично для фамилий, образованных от просторечных прозвищ с ярко выраженной отрицательной или сниженной коннотацией. В XX веке фамилия оставалась редкой, не попала в разряд массовых. Сегодня Шишонина — это фамилия, которая сохраняет память о прозвище, данном предку за характер или поведение, а не за профессию или место жительства.