Фамилия Шишонок звучит необычно, и её разбор стоит начать с суффикса, который сразу выдает региональное происхождение. Формант -онок (ударение, скорее всего, на последний слог) типичен для белорусской и западнорусской ономастики. Это уменьшительный суффикс, который в восточнославянских фамилиях часто указывал на молодого человека или сына: Шишонок — буквально «маленький Шиш» или «сын Шиша». Такая модель образования (прозвище + -онок) характерна для северо-западных земель бывшего Великого княжества Литовского, особенно для Витебщины, Могилёвщины и смоленских краёв.

Основа «шиш» многозначна и даёт сразу несколько версий происхождения прозвища. Самая прямая — от слова «шишка»: так могли прозвать человека с заметной шишкой на теле, низкорослого и плотного, либо, в переносном смысле, важную особу («шишка» в значении «влиятельный человек»). Однако в народной речи «шиш» имел и другие значения: острая верхушка, колючка, а также черт, бес (отсюда «шиш» в ругательствах). В диалектах «шишом» называли бродягу, вора или нищего — человека, который «шишится», то есть тайком промышляет. Прозвище могло быть ироничным или охранительным: давая ребёнку имя Шиш, родители надеялись, что злые духи не тронут «своего».

Сравнение с однокоренными фамилиями проясняет картину. Шишов, Шишкин, Шишанов — все они от той же основы, но образованы разными суффиксами. Шишонок стоит в одном ряду с такими «сыновьями» формами, как Козлонок, Бобрёнок, Зайчонок. В белорусской традиции фамилии на -онок часто не закреплялись за дворянством или духовенством, а бытовали среди крестьян и мещан, особенно в восточных регионах. Встречаемость фамилии Шишонок и сегодня выше всего в Беларуси, а также в приграничных областях России — Брянской, Смоленской, Псковской.

Есть и более редкая, но возможная версия: связь с профессиональным прозвищем. В некоторых говорах «шиш» — это кол для вязанок сена или остроконечный шест. Человек, делавший такие колья, мог получить прозвище Шиш, а его сын — Шишонок. Однако эта гипотеза менее убедительна, так как прозвища по ремеслу обычно образовывались через суффиксы -арь или -ник, а не через уменьшительные формы.

Таким образом, фамилия Шишонок — это типичная «сыновья» фамилия белорусского или западнорусского корня. Предок носителя, скорее всего, был крестьянином или ремесленником, получившим прозвище Шиш за внешность, характер или род занятий, а его потомки закрепили за собой уменьшительную форму, указывающую на родство.