Фамилия Шишонин образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Прозвище Шишоня образовано от аналогичного диалектного слова, которым в вятских говорах обозначали тихоню, нерасторопного, вялого человека. Таким образом, фамилия Шишонин содержит указание на характер предка. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шишоня, со временем получил фамилию Шишонин. О точном месте и времени возникновения фамилии Шишонин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Шишонин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.