Основой фамилии Шишова послужило мирское имя Шиш. Фамилия Шишова образована от нецерковного имени Шиш. Не следует также исключать возможность происхождения фамилии Шишова от прозвища Шиша, восходящего к диалектному глаголу «шишать», то есть «копаться, мешкать, лениво, неловко делать что-то». Веселовского упоминается Шиш Иван Федорович Пушкин, 1646—1684 гг. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Шиш, со временем получил фамилию Шишова.