Основой фамилии Шишинова послужило мирское имя Шишай. Фамилия Шишинова образована от мирского имени Шиша. В различных русских диалектах однокоренными словами «шиш», «шишка», «шишига» и т.п. Имена, в основе которых лежат слова с негативным значением, давали затем, чтобы уберечь ребёнка от действия злых сил. Таким образом, мужская форма этой фамилии - Шишинов - представляет собой отчество второго порядка: Шишинов - сын Шишина и внук Шиши. Однако возможно и то, что в основе фамилии Шишинова лежит прозвище Шишин, которое восходит к диалектному глаголу «шишать», то есть «не торопиться, мешкать, лениво делать что-то». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Шиша или прозвищем Шишин, со временем получил фамилию Шишинова.