Фамилия Шишихина — женская форма мужской фамилии Шишихин. Её основа — прозвище или нецерковное имя Шишиха. Здесь ключевой суффикс -их-, который в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, но очень характерен для северных и северо-восточных регионов России, особенно для бывших новгородских земель, Вятки, Архангельской и Вологодской губерний. Фамилии на -их (Шишихины, Коротких, Глухих) застывали в форме родительного падежа множественного числа: «из семьи Шиших» или «из дома Шиших». Поэтому Шишихина буквально означает «женщина из рода Шишихи».

Само слово «шишиха» — производное от «шиш». В русских говорах у этого корня несколько значений. Самое известное — «вор», «бродяга» или «плут» (отсюда «шиш» как обозначение нечистой силы или мелкого воришки). Но в северных диалектах «шиша» или «шишига» — это ещё и нечистый дух, леший, а также непоседливый, юркий человек. Есть и более прозаичная версия: «шиш» — острый предмет, кол, шип. Прозвище Шишиха могли дать человеку с острыми чертами лица, худощавому или колкому на язык.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает определить вероятный ареал. Шишигин, Шишов, Шишаев — распространены шире, а вот Шишихин и Шишихина — маркер именно северной (поморской или вятской) традиции образования фамилий. В документах XVII–XVIII веков крестьяне и посадские люди с таким прозвищем встречаются в переписях Устюга Великого, Сольвычегодска и Холмогор.

Сословная принадлежность предков Шишихиных, скорее всего, крестьянская или мещанская. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Прозвище не было оскорбительным — в среде, где людей называли по внешности или поведению, имя Шишиха воспринималось как бытовое, без резко негативного оттенка. Со временем оно перешло в фамилию и закрепилось в форме на -их, что говорит о давнем (не позднее XVII века) бытовании в определённой местности.