Фамилия Шишич — редкий для России случай, когда южнославянская модель фамилии сохранилась почти без изменений. Суффикс -ич характерен для сербской, хорватской, черногорской и боснийской традиции образования фамилий. В русской среде такие фамилии обычно обрусевали, обрастая суффиксами -ов или -ин, но Шишич мог остаться в исходном виде, если предок был выходцем с Балкан или если фамилию зафиксировали в XIX веке в южнорусских или приграничных областях.

Основа фамилии — прозвище Шиша. В восточнославянских говорах «шиш» означало не только заострённый предмет, но и черта, беса (отсюда выражение «шиш тебе», «шиш с маслом»). В южнославянских языках, особенно в сербском, «шиша» — разговорное название ежа, колючего кустарника или человека с торчащими волосами. Таким образом, прозвище могло относиться либо к внешности — лохматому, взъерошенному человеку, либо к характеру — колкому, неуживчивому, либо к занятию — например, к тому, кто делал шиши (острые колья, вертела).

В русской ономастике фамилия Шишич почти не встречается в переписных книгах XVII–XVIII веков. По данным современных телефонных справочников, носители живут в основном в Краснодарском крае, Ростовской области и в Крыму — регионах, куда в разное время переселялись сербы и черногорцы. Возможен и другой путь: фамилия могла возникнуть на русской почве, если основой стало мирское имя Шиш, а суффикс -ич указывал на принадлежность к роду («сын Шиша»). Но для русского словообразования типичнее был бы вариант Шишин или Шишов, поэтому балканское происхождение выглядит убедительнее.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Шишов, Шишаев, Шишкин — показывает, что все они восходят к тому же корню, но оформлены по разным моделям. Шишич стоит особняком: это не адаптация, а прямое заимствование с сохранением патронимической формы.