Фамилия Шишинёв — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а скорее всего, прозвище, и сразу с двумя возможными ключами. Разберёмся по порядку: главное здесь — не корень «шиш», а суффикс и ударение.

Фамилия образована по типичной русской модели «прозвище + -ёв». Суффикс -ёв (под ударением) указывает на принадлежность: «сын Шишиня» или «из семьи Шишиня». Само прозвище Шишинь — уменьшительная форма от более старого «шиш». В древнерусском языке слово «шиш» имело два основных значения: во-первых, острый предмет, колючка, а во-вторых — бродяга, разбойник, скиталец (отсюда «шишовать» — разбойничать, бродяжничать). Второе значение особенно живо в северных и сибирских говорах, где «шишами» называли лихих людей, беглых каторжников. Таким образом, Шишинёв — это, скорее всего, потомок человека по прозвищу Шишинь, то есть «маленький шиш», «шишонок». Прозвище могло быть дано либо за острый, колкий характер, либо за бродячий образ жизни предка.

Обратите внимание на географию. Фамилия Шишинёв встречается в основном в центральных и южных регионах России (Воронежская, Ростовская области, Краснодарский край), а также на Украине. Это наводит на мысль, что основа могла быть не только русской. В украинском языке «шишиня» — это ещё и шишка (сосновая или еловая), а также — в переносном смысле — шишка на теле, желвак. В таком случае прозвище Шишинь могло относиться к человеку с заметной внешней особенностью (например, шишкой на лбу или на носу). Это объяснение проще и правдоподобнее, чем версия с разбойником, хотя обе имеют право на существование.

Словообразовательная модель фамилии довольно редкая: суффикс -ин-ёв — это нестандартная цепочка. Обычно мы видим Шишов (от «шиш») или Шишкин (от «шишка»). А здесь сначала образовалась уменьшительная форма Шишинь (с суффиксом -инь, как Бородин — от Борода, или Губин — от Губа), а затем от неё — фамилия Шишинёв. Такая двойная суффиксация встречается нечасто и говорит о том, что прозвище Шишинь было устойчивым и передавалось как родовое имя ещё до официального закрепления фамилии.

В итоге: Шишинёв — фамилия с прозрачной, но неоднозначной этимологией. Её носитель наверняка происходит от человека, которого в округе называли Шишинь — либо за колючий нрав, либо за заметную шишку, либо за склонность к бродяжничеству. Точно сказать, какая из версий верна для конкретной семьи, можно только по местным архивным записям, но в любом случае фамилия эта не книжная и не дворянская, а народная, прозвищная, из гущи быта.