Фамилия Шишин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Шишин послужило мирское имя Шишай. Фамилия Шишин образована от мирского имени Шиша или Шишуй. Не следует также исключать возможность происхождения фамилии Шишин от прозвища Шишай, восходящего к диалектному глаголу «шишать», то есть «копаться, мешкать, лениво, неловко делать что-то». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Шишай, со временем получил фамилию Шишин. О точном месте и времени возникновения фамилии Шишин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Шишин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.