Фамилия Шкабурская — женская форма от Шкабурский, а обе они образованы по самой продуктивной модели восточнославянских фамилий: с суффиксом -ск-/-цк- и окончанием -ий/-ая. Такие фамилии обычно указывали на географическое происхождение: владельца поместья или выходца из села, названного Шкабуры или Шкабур. Сама основа «шкабур» — тёмная и редкая. В русских говорах слова с корнем «шкаб-» или «шкабур-» не фиксируются в словарях диалектной лексики как распространённые. Наиболее вероятно, что это вариант написания или произношения белорусского или украинского прозвища.

Можно предположить связь с глаголом «шкабурдить» — в некоторых говорах так говорят про того, кто шалит, проказничает или делает что-то невпопад. Тогда Шкабур — это прозвище беспокойного, суетливого или озорного человека. От такого прозвища и пошло название хутора или деревни, а от неё — фамилия. Менее вероятно, хотя и не исключено, что в основе лежит заимствование из балтийских языков: литовское skaburà («щепка, заноза») или skabùs («цепкий, хваткий»). В этом случае прозвище могло относиться к человеку резкому или придирчивому.

Географически фамилия Шкабурская тяготеет к западу России, Беларуси и Украине. Встречается она нечасто, что типично для фамилий, привязанных к одному-двум небольшим населённым пунктам, которые могли исчезнуть или сменить имя. По сословной принадлежности предки Шкабурских, скорее всего, были крестьянами или мещанами — дворянские роды с такой фамилией в гербовниках не значатся. Суффикс -ск- в этой форме не указывает на шляхетство: в XIX веке так могли «окняжить» любую фамилию при переписи или просто по желанию носителя.