Фамилия Шкаленкова — женская форма от Шкаленков, и её разумнее разбирать через мужской вариант. Основа фамилии — прозвище или неканоническое имя Шкаленок. Суффикс -ов- указывает на типичную русскую модель образования: «чей?» — сын Шкаленка. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Шкале́нков.

Самая вероятная версия происхождения — от слова «шкалик». В XIX веке шкаликом называли небольшую стеклянную бутылку для водки, а также меру жидкости (примерно 0,06 литра). Прозвище Шкаленок мог получить человек маленького роста или тот, кто любил выпить. Другая возможность: прозвище дали торговцу, который отпускал водку мелкими порциями, — такая деталь быстро закреплялась в быту.

Менее распространённое, но возможное объяснение — связь с глаголом «шкалить» (в некоторых говорах — хитрить, лукавить, а также скрипеть или визжать). В этом случае Шкаленок — прозвище человека с пронзительным голосом или плутоватого нрава. Для окончательного выбора нужно знать местность, где фамилия зафиксирована впервые. Фамилия встречается в документах по Белгородской, Курской и Воронежской областям, что указывает на южнорусские корни.

В словообразовательной цепочке заметна уменьшительная форма: Шкал → Шкаленок. Суффикс -енок в прозвищах часто означал молодость или принадлежность: Шкаленок — «маленький шкал» или «сын Шкала». Если существовала фамилия Шкалов, то Шкаленков — её патронимический вариант, но с более поздним суффиксом. В любом случае, фамилия редкая, не попала в массовые списки дворянства или купечества, а значит, её носители — потомки крестьян или мещан, чьи прозвища закрепились при переписях.