Фамилия Шкаперина — женская форма от Шкаперин, и её основа заставляет задуматься: что за «шкап» или «шкапер» скрывается в корне? Сразу отбросим очевидное, но ложное сходство со «шкафом»: в старом русском языке «шкап» действительно означало шкаф, но прозвище по мебельному ремеслу маловероятно. Куда правдоподобнее версия, что в основе лежит диалектное слово «шкапа» или «шкапка» — так в некоторых говорах называли скупущего, прижимистого человека, скрягу. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шкаперин — «сын Шкаперы» или «человек из рода Шкаперы». То есть предок мог получить прозвище за бережливость, граничащую с жадностью.

Однако есть и вторая версия, более редкая: «шкапер» могло быть искажением слова «шкипер» — так называли капитана небольшого судна или человека, отвечающего за корабельное имущество. В северных и приморских губерниях, где жили поморы и речники, такое прозвище было бы понятно. Но для фамилии Шкаперина эта гипотеза слабее: форма «Шкаперин» естественнее выводится из «Шкапера» (человек, похожий на шкапу), а не из «шкипера», где корень другой.

Географически фамилия встречается в центральных и северо-западных областях России, но не массово. По сословному составу — скорее крестьянская или мещанская, без дворянского следа. Интересная деталь: в старых переписях иногда встречается вариант Шкаперинов, с двойным суффиксом, что говорит о позднем оформлении фамилии и колебаниях в письменной фиксации. Таким образом, Шкаперина — фамилия с прозрачной, но не единственной этимологией, и её носителям стоит приглядеться к местным говорам: вполне возможно, что корень «шкапа» до сих пор живёт в памяти старожилов тех краёв, откуда пошёл род.