Фамилия Шкаперин — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от фамилий, образованных от церковных имён, эта явно связана с прозвищем или профессиональным занятием предка. Основа — «шкапер» или «шкапе́р», слово, которое в русских говорах имело конкретное значение.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Шкаперин. Такая модель типична для фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а, -я. Но в основе лежит не «Шкапера», а мужское прозвище Шкапер. Само слово «шкапер» — это искажённое «шкипер», заимствованное из голландского или немецкого (schipper, skipper) через морскую терминологию. Шкипер — капитан небольшого судна, а в более широком смысле — человек, управляющий судном. Однако в центральных и южных губерниях России, далёких от морей, это слово могло означать не моряка, а, например, приказчика на барже, лоцмана на реке или просто опытного речника.

Есть и вторая, более прозаичная версия. В некоторых диалектах «шкап» или «шкапа» означало шкаф, сундук, а иногда и лавку в крестьянской избе. Тогда Шкапер — это либо мастер по изготовлению шкафов, либо человек, получивший прозвище за свою основательность и «закрытость». Эта гипотеза менее вероятна, потому что профессиональные прозвища от «шкап» дали бы фамилии Шкапов, Шкапин. Форма Шкаперин предполагает активный суффикс -ер, характерный для заимствованных слов (как «токарь», «слесарь»), что склоняет чашу весов в пользу морского или речного корня.

Географически фамилия встречается разрозненно, но заметные следы есть в Поволжье и на юге России — регионах, где речное судоходство было развито веками. Если ваш предок носил фамилию Шкаперин, велика вероятность, что он был не крестьянином-землепашцем, а человеком, чья жизнь была связана с водой, перевозками и ремёслами, сопутствующими судоходству. В дворянских родословных книгах эта фамилия не отмечена — она осталась в среде мещан, купцов и государственных крестьян, работавших на речных пристанях.