Фамилия Шкапина — женская форма фамилии Шкапин, и её происхождение напрямую связано с основой шкап-. Вопреки возможному ожиданию, связь с мебелью (шкаф) здесь не прямая, хотя и не исключена в редких случаях. Дело в том, что слово «шкап» в русских говорах имело и другое значение — так называли сундук или лавку с ящиками, а также, по данным диалектных словарей, скупого, прижимистого человека. Однако основная версия лежит в другой плоскости.

Самая правдоподобная гипотеза — прозвищное происхождение от глагола «шкапить» или существительного «шкапа». В северных и сибирских говорах «шкапа» означала клячу, плохую лошадь, а «шкапить» — ходить с трудом, ковылять. Прозвище Шкапа могли дать человеку с тяжёлой походкой, хромому или просто медлительному, неповоротливому. Сравните с однокоренными фамилиями Шкапов, Шкапцов, Шкапкин — все они образованы по одной модели и указывают на ту же диалектную основу. Суффикс -ин в фамилии Шкапин типичен для русского севера и центра: он указывает на принадлежность «сын Шкапы» или «человек из семьи Шкапы».

Есть и менее распространённая версия, связывающая фамилию с именем собственным. В старых писцовых книгах встречается имя Шкап, которое могло быть производной формой от крестильного имени Степан (через Штепан — Шкап). Но эта гипотеза слабее: переход от «Степан» к «Шкап» нехарактерен для русской антропонимии, и прозвищная версия остаётся основной.

Фамилия Шкапина — редкая. По переписям XIX — начала XX века её носители фиксировались преимущественно в Вятской и Пермской губерниях, а также в Забайкалье, что подтверждает её севернорусские корни и связь с говорной лексикой. Сословно Шкапины чаще всего были государственными крестьянами или мещанами — никаких дворянских ветвей в родословных книгах не отмечено.